Der Arbeitgeber berechnet die Höhe der Lohnsteuer nach den Angaben in den elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmalen (früher Lohnsteuerkarte). Beim Lohnsteuerjahresausgleich durch den Arbeitgeber wird der Jahressteuerbetrag so berechnet, dass er der Einkommensteuer für den Arbeitslohn entspricht.
Schuldner der Lohnsteuer ist der Arbeitnehmer. Jedoch hat der Arbeitgeber bei jeder Lohnabrechnung die Lohnsteuer zu berechnen (§ 38 Abs. 3 EStG), vom Bruttolohn einzubehalten und an das zuständige Finanzamt abzuführen (§ 41a EStG). Der Arbeitgeber haftet für die korrekte Einbehaltung und Abführung der Lohnsteuer und kann für zu wenig einbehaltene und abgeführte Lohnsteuer in Anspruch genommen werden (§ 42d EStG).
Die einbehaltene Steuer wird bei einer späteren Einkommensteuer veranlagung als Steuervorauszahlung auf die Einkommensteuer angerechnet.
Mittels der Lohnsteuerklassen werden bereits beim Lohnsteuerabzug bestimmte persönliche Merkmale wie der Familienstand und Freibeträge berücksichtigt, die sich aus dem Einkommensteuerrecht ergeben. Im Veranlagungszeitraum 2017 gilt ein Grundfreibetrag von 8.820 € (§ 32a EStG). Weiterhin gilt seit 2011 für Arbeitnehmer ein Werbungskostenpauschbetrag von 1.000 € (§ 9a Satz 1 EStG), eine bruttolohnabhängige Vorsorgepauschale und ein Pauschalbetrag für sonstige Sonderausgaben von 36 € (§ 10c EStG).
Die vom Arbeitgeber einbehaltene Lohnsteuer ist, neben der Kirchensteuer und dem Solidaritätszuschlag, von diesem bis spätestens zum zehnten Tag nach Ablauf des Anmeldezeitraums beim Betriebsstättenfinanzamt anzumelden und abzuführen. Im Wege der Selbstveranlagung sind die Lohnsteuer vom Steuerpflichtigen zu errechnen, die Lohnsteueranmeldung auf amtlich vorgeschriebenem Vordruck abzugeben und die Lohnsteuer abzuführen. Seit Januar 2005 sind Lohnsteueranmeldungen ausschließlich auf elektronischem Weg (ELSTER) an die Finanzämter zu übermitteln.
Anmeldezeitraum ist grundsätzlich der Kalendermonat. Beträgt die abzuführende Lohnsteuer für das vorangegangene Kalenderjahr mehr als 1.080 € (ab dem 1. Januar 2015, davor 1.000 €), aber nicht mehr als 4.000 €, ist der Anmeldezeitraum das Kalendervierteljahr, nicht mehr als 1.080 €, ist der Anmeldezeitraum das Kalenderjahr.
